Uudenkaupungin kaupungin asukkaat valitsevat valtuuston jäsenet neljäksi vuodeksi kerrallaan. Nykyisen valtuustokauden 1.6.2017-31.5.2021 valtuutetut ja varavaltuutetut valittiin 2017 järjestetyissä kuntavaaleissa.
Uudenkaupungin kaupungin hallinnossa ylintä päätösvaltaa käyttää kaupunginvaltuusto.
Valtuusto on ryhmittynyt eri poliittisia kantoja edustaviksi valtuustoryhmiksi.
Uudenkaupungin kaupunginhallituksen tehtävä on johtaa kaupungin hallintoa ja taloutta kaupunginvaltuuston hyväksymien tavoitteiden mukaisesti. Kaupunginhallituksen kokouksissa on läsnäolo ja puheoikeus myös kaupunginvaltuuston puheenjohtajistolla.
Kaupungin lautakunnat ja johtokunnat ovat luottamushenkilöelimiä, jotka päättävät omaan alaansa liittyvistä asioista erityislakien ja kaupunginvaltuuston antaman valtuutuksen perusteella. Lautakuntien ja johtokuntien jäsenet ja varajäsenet valitsee kaupunginvaltuusto. Lisäksi lautakunnassa ja johtokunnassa on kaupunginhallituksen edustaja, jonka tehtävänä on valvoa lautakunnan päätöksentekoa. Hallituksen edustajalla on kokouksissa puhevalta, muttei äänioikeutta.
Lisäksi hallinto-organisaatioon kuuluvat johtokunnat ja neuvostot.